下水道法第2条の2に基づき、公共用水域の環境基準を達成維持するために都道府県が定める計画。将来人口や発生負荷量の推定をもとに、環境基準の達成維持に必要な下水道整備計画区域や処理場の配置、計画処理水質等を定める。東京湾や大阪湾などの閉鎖性水域においては、下水道整備のみによる環境基準の達成が困難となっていることから、河川部局、環境部局、農林部局等の関係機関が連携して汚濁負荷削減の役割分担を明確にするための協議の場の構築を進めているところである。これを踏まえ、平成20年9月には、人口減少下の流域別下水道整備総合計画の考え方等も含め、「流域別下水道整備総合計画調査指針と解説」が改訂されたところである。