清算事業団は、昭和６２年度から平成７年度までの９年間で合計１１．３兆円の収入を上げた（注）。
しかし、一方で、鉄道共済年金の特別負担を含めた利払い等の支払の合計は９年間で１３．３兆円にのぼり、その結果、８年度首における清算事業団の長期債務等の残高は、国鉄改革当時の２５．５兆円から２．１兆円増加し、２７．６兆円となっている。
また、清算事業団の債務の償還等に充てられる資産のうち、
AＪＲ株式については、５年度にＪＲ東日本株式を売却した結果、６６９万株（額面で、３，３４５億円）、
B鉄道整備基金（旧保有機構から債務を承継）に対する債権については、元本約１．９兆円
（注） 昭和６２年度から平成２年度までの営団出資持分の譲渡を含む。