神戸港は我が国の経済活動に大きな役割を果たしており、また神戸港の復旧・復興が被災地域の復興にとって不可欠であることから、神戸港の復旧・復興に対し、これまで、国として以下のような支援措置を講じてきている。
（財）神戸港埠頭公社が保有するコンテナ、フェリーバースの災害復旧に対する国庫補助等の支援制度及び港湾緑地の復旧に対する予算制度を創設した。また、神戸市保有の荷役機械の復旧費の一部を補助した。さらに、港湾機能の早期回復を図るため、６年度第二次、７年度第一次及び第二次補正予算において、岸壁、防波堤、荷役機械、港湾緑地等の災害復旧を行うとともに、大水深かつ高規格なコンテナターミナルの整備による国際競争力の強化、耐震強化岸壁及び防災拠点の整備による防災性の向上を図っている。また、日本開発銀行からの民間の港湾施設等の復旧に対する低利融資制度や民有海岸保全施設の復旧に対する超低利融資制度が創設された。
８年度においても、国際海上コンテナターミナルの耐震強化に対する国の負担率の拡充等、神戸港の復興に対する支援措置を講じている。
また、震災による瓦礫等の処理のため、港湾においては積み出し場所や受入場所を確保し、神戸港において８年６月末までに約９８０万トン、さらに、大阪湾広域臨海環境整備センターの海面処分場において約５４０万トン、その他津名港等において約８０万トン、全体で約１，６００万トンを受け入れており、８年度中に受入れを完了することとしている。
さらに、被災地域の復興に資する基盤的施設の整備を促進するため、民活法による支援措置の拡充を講じた。