列車の運行管理体制については運転指令と列車乗務員間の無線設備、列車集中制御装置の導入等を促進して迅速かつ的確な運転指令体制づくりに務めるよう鉄軌道事業者を指導している。
乗務員等の適正な管理については、動力車操縦者運転免許試験により運転士の資質の維持を図るとともに、乗務員等の適性検査の実施者のための適性検査講習会を実施している。
また、運転の安全確保については鉄軌道事業者に対する保安監査を定期的に実施し、それに基づき指導を行っている。さらに必要に応じて運転事故等についての現地調査を実施し、それに基づき指導を行うとともに、事故防止対策の検討、安全対策に関する情報交換等のため、運輸省とＪＲ各社等の安全担当責任者で構成する鉄道保安連絡会議を定期的に開催し、安全対策の推進に努めている。