島原鉄道は、５年４月以降の数回にわたる集中豪雨により発生した水無川流域の土石流のため、線路の埋没及び流出、橋桁の損傷等の被害を受けた。現在地域全体で実施されている防災事業との整合性を取りつつ復旧工事を実施しており、９年４月の運転再開を目指している。なお運輸省は、この復旧に対し、６〜８年度予算において助成措置を講じている。
また、雲仙岳に係る避難施設緊急整備計画に基づく事業については、７年度末までに、岸壁、泊地、防波堤等が完成しており、残る航路等について整備を推進している。また、早期復興に支障となる土石流に対応するため、土砂の処分場所として、多比良港等において廃棄物海面処分場を整備中である。