審議会は、移転先候補地の選定に当たり、できる限り客観性と公正さを重視した方法を採用することを基本方針とし、多面的、多角的な調査審議に努めた。
まず、第一段階では広く概括的な調査検討を行い、詳細な調査を行うべき調査対象地域として、「北東地域」、「東海地域」及び「三重・畿央地域」を設定した。これは、調査会報告に示された選定基準のうち客観的な指標となるものを満たす地域を中心に抽出したものである。
第二段階では、調査対象地域について、広範かつ多岐にわたる16の分野に関し、多数の専門家による詳細な調査を行うとともに、関係府県からの意見聴取、審議会委員による現地調査及び全国9カ所における公聴会を実施した。
これらの結果に基づき、第三段階では、移転先候補地の選定作業を更に詳細に進めるため、3つの調査対象地域の中から、利用する空港の位置や道路、鉄道等の交通体系の整備の状況、関係府県の意向等を勘案し、新都市を建設し得る一体の地域として、10の総合評価の対象地域を設定し、候補地選定に向けて、次の2つの作業を行った。
総合評価の対象地域：宮城地域、栃木・福島地域、栃木地域、福島地域、茨城地域、岐阜・愛知地域、静岡・愛知地域、三重・畿央地域、三重地域、畿央地域
このような検討を踏まえ、審議を重ねた上で、移転先候補地を選定した。