総合評価に当たっては、広範かつ多岐にわたる16の評価項目について、関係分野の専門家等からなる検討会が設けられ、10の対象地域について専門的立場から詳細な定量的評価が行われた。複数の評価項目を担当した検討会もあり、14の検討会に70名余の専門家が参加した。
また、各評価項目間の重みづけは、これとは別に、審議会委員により直接行われた。重みづけは、調査審議の進展に合わせて、3回にわたって行われ、この間、委員の評価項目に対する共通認識が深められた。
その上で、この両者を総合して総合評価の対象地域ごとの総合評価値が求められた。この際、審議会委員の多様な判断を尊重し、全員の平均値を用いるだけでなく、幾通りもの方法による集計を行った。
その結果、いずれの集計方法によっても上位の総合評価の対象地域の順位は変動することなく安定しており、その結果は、客観性を有し、十分尊重すべきものと認められた。
重みづけ手法による総合評価の結果によれば、絶対的な数字の上では、対象地域間での評価の差は大きくなかったが、北東地域の栃木・福島地域の評価が最も高く、次いで東海地域の岐阜・愛知地域の評価が高かった。これら2地域は、それぞれ相異なる特徴を有している。茨城地域は、これらに次いで評価が高かった。