新しい全総計画では、三大都市圏の機能分担について、東京圏では過度集中の是正、高次都市機能の高質化とその広域的活用を、また、関西圏及び名古屋圏では東京圏との機能分担と連携、特色ある高次都市機能の充実を図るとしている。
首都機能が移転した場合、母都市としての役割は、北東地域の場合は東京が、東海地域の場合は名古屋が、三重・畿央地域の場合は大阪、京都等がそれぞれ担うことが想定されるが、移転にともなって、それぞれの母都市となる三大都市圏の担う機能の内容及びその程度には差が生じてくるものと考えられる。
企業アンケート（首都機能移転に関する企業意向アンケート：1998年2月実施）によると、首都機能が3地域のどこに移転した場合も、東京圏の企業立地ポテンシャルは首都機能移転後も大きくは変わらないとする結果が得られている。しかし、三大都市圏相互の関係は、北東地域に移転した場合には、宮城地方の立地ポテンシャルは現在より高まるが名古屋や大阪は現在と変わらないとされており、また、東海地域及び三重・畿央地域に移転した場合には、宮城地方の立地ポテンシャルは変わらないが名古屋や大阪の立地ポテンシャルは高まるとされている。
また、いずれの場合も首都機能の移転により東京圏の優位性がやや低下し、大都市圏相互間の機能分担がより水平的になると考えられる。
首都機能の移転によって三大都市圏の関係に及ぼす影響は、次のように要約される。
北東地域に移転した場合、東京圏から首都機能が転出するが、東京が我が国の経済・文化等の拠点としての役割とあわせて新都市の母都市としての役割を担うこととなる。また、名古屋圏、関西圏に及ぼす直接的な効果は少ないと考えられるが、国土構造としては、大都市圏相互間の機能分担が水平的な関係に向かうと考えられる。
中央地域（東海地域)に移転した場合、名古屋が母都市としての機能を担うこととなり、長期的には名古屋圏が政治・行政の面でも我が国の拠点としての役割を果たすようになる。一方、東京圏の負荷が軽減されるとともに、東京圏と名古屋圏との機能集積の格差を縮小する直接的効果がある。
中央地域(三重・畿央地域)に移転した場合、大阪及び京都等が母都市としての機能を担うこととなることから、関西圏が政治・行政等の面でも徐々に我が国の拠点としての役割を果たすようになる。一方、東京圏の負荷が軽減されるとともに、東京圏と関西圏との機能集積の格差を縮小する直接的効果がある。