尻別川流域は羊蹄山、ニセコ連峰をはじめとする、豊かな自然と優れた自然景観に恵まれ、動植物の生育にも好適な地であり、その種類も豊富です。
河川水辺の国勢調査にて尻別川で確認された動植物は、植物では羊蹄山などを中心に高山植物が植生しており、尻別川を中心とする河川敷に生育する植物はハマハコベやオニスゲ等の着目種です。
動物ではイトウやアユ、カワヤツメ(魚類)のほか、コテングコウモリ(哺乳類)、エゾサンショウウオ(両生類)、コハクチョウ、カンムリカイツブリ(鳥類)、カワシンジュガイ(底生動物)などの着目すべき種が確認されています。特にイトウは尻別川を代表する重要な種に位置付けており、地域住民の関心も高く、種の保護団体が組織されているほか、河川管理者としても生息に配慮した事業展開をしていくこととしています。