米代川は、江戸時代に木材や鉱石を大量に運ぶ手段として舟運が行われていました。舟運が発達した背景には、上流域に160にものぼる鉱山や、付近の山々が天然秋田杉の宝庫である事等があげられます。舟運には様々な工夫もありました。米代川のように大きな川と阿仁川のような中小の川では、積み荷の種類によって大小の舟を使い分けをしていました。中流から下流部で活躍した舟は、細長く水切りに適した「長舟」という丈夫なもので、帆長約18m、幅7.5m、端高約6.6mという大型舟。一方、水深が浅く流量が少ない支川では、阿仁川でよく使われた「ズアイ舟」や舟を2艘並べた「ニハイ舟」が主流で、幅も約1mほどと小型でした。
また、木材は山の上流部から木を丸太にして、筏に組んで川を下って運びました。筏は水量がたくさんないと利用できないので、雪解けから田植え前までの期間、米代川は筏のラッシュとなったほどです