"子吉川は、秋田・山形県境にそびえる鳥海山（標高2,236m）を源として、大小支川を合わせ本荘平野を流れ、日本海に注いでいます。流域の約８割は山地で占められており、鳥海山を中心とした豊かな自然環境・景観に恵まれています。"

子吉川は、秋田・山形県境にそびえる鳥海山(標高 2,236m)を源として、大小支川を合わせ本荘平野に流れ、日本海に注いでいます。流域の約８割は山地で占められており、鳥海山を中心とした豊かな自然の景観に恵まれています。
　鳥海山は、昭和38年に国定公園の指定を受けており、国定公園内には特定植物群落として指定を受けた希少な植物が数多く存在しています。山間部の水際ではクリーミズナラ群落やスギ植林等が目立つが、田園地帯(平地)ではヤナギ低木群落やヨシ群落、ススキ群落が多く繁茂しています。
　山間部の渓流には主にイワナ、ヤマメなど生息し、上流域から中流域にかけてアユ、サケ、サクラマスなどの回遊魚が生息しています。サケ、サクラマスなどは上流域で産卵しますが、アユは産卵に適した環境を求めて中流域に下り産卵を行います。

山間部を抜け扇状地となる中流域には、まとまった樹林が見られるため、樹林性の昆虫類も多く、その種類も豊富です。また、周辺を水田に囲まれた高水敷内のヨシ原や採草地には、草原性鳥類のオオヨシキリ、ヒバリ等が確認されており高密度繁殖地を形成しています。
　水域では主に、ギンブナ、ニゴイ等の淡水魚、ウグイ、アユ、サケ、サクラマス等の回遊魚が生息しています。適度に蛇行した河川には瀬と淵が連続する環境が形成されており、早瀬はアユの産卵場や釣り場となっています。

市街地が形成されている下流域には、河口付近の砂州を中心に海浜性、草地性の昆虫類が確認されているほか、草地ではアカネズミ、アズマヒキガエルなどが、クロマツ林では、ニホンリスがそれぞれ確認されています。また、河口部の広い静水域一帯にカモの集団越冬地が形成されています。

河口から約8km上流にある新二十六木（とどろき）橋までの汽水域では、スズキ、アシシロハゼ、ヌマガレイ、キビレミシマなど汽水域を好む魚が多く出現するほか、ウグイ、アユ、サケ等の多くの魚種が生息しています。

子吉川の水質は、河川の汚れの状況を示す指標のBOD値において、この２０数年間、多少の変化はあるものの環境基準値を満足しています。