江戸川は河口から利根川との分派点まで、約55kmあり、生物の生息は河口から上流に向かうにつれて変化します。
江戸川放水路河口部から市川市、浦安市、船橋市沖合は三番瀬と呼ばれる約1,600haの干潟と浅海域があり、干潟に生息するゴカイ類やカニ類等が豊富です。また、それを餌とするシギやチドリ類が多く生息し、渡り鳥の中継、越冬地点としても重要な役割を果たしています。
さらに、行徳可動堰直上流のヨシ原には環境省絶滅危惧Ⅰ類に指定されるヒヌマイトトンボが分布しています。
また、江戸川下流部放水路の泥干潟では「東京湾奥部のトビハゼ」が分布していることから、トビハゼが生息できる「トビハゼ護岸」を整備しています。