小矢部川流域内には高瀬遺跡をはじめとする国指定の史跡2件、木舟城跡などの県指定の史跡8件、天然記念物7件があります。そのほか、国指定有形文化財25件、国重要伝統的建造物群2件、国登録有形文化財38件があります。
小矢部川流域の広域的な緑地資源としては、上流の富山・石川県境部の医王山県立自然公園、支川大井川上流の桜ヶ池県定公園、支川旅川上流の八乙女山・閑乗寺県定公園、中流部富山・石川県境部の倶利伽羅県定公園、宮島峡一帯を中心とする稲葉山・宮島峡県定公園があります。河口部には二上山を含む地域が能登半島国定公園に指定されています。
また、昭和40年県指定天然記念物のミズバショウが群生する縄ヶ池(なわがいけ)周辺は、縄ヶ池・若杉自然環境保全地域となっています。