・瀬田川洗堰上流
瀬田川洗堰を境として、形態が大きく変化しますが、瀬田川洗堰から上流側は琵琶湖とつながっていることから河川というより湖沼に近く琵琶湖固有種も確認されています。
・瀬田川洗堰下流
形態は瀬田川洗堰の放流量に左右されますが、全体的に流れは緩やかで、平瀬状の様相を呈しています。一部に淵や早瀬も形成されていますが、変化に乏しく、底質は砂礫になっています。
・鹿跳橋付近
この付近は、鹿跳渓谷と呼ばれ、両岸が迫って川幅が狭まり、水の流れも急に激しくなっています。川面には奇岩があちこちに顔を出し、「鹿跳峡の甌穴(米かし岩)」は滋賀県の自然記念物に指定されるなど、瀬田川景勝地の1つとなっており、琵琶湖国定公園や大津市の自然保護地区に指定されています。
琵琶湖国定公園や大津市の自然保護地区に指定されています。
(生物の生息環境について)
瀬田川にはたくさんの生き物が生息しており、瀬田川全体には27種の魚類、226種の底生動物、476種の植物、51種の鳥類、5種の両生類、9種の爬虫類、11種の哺乳類、769種の陸上昆虫が生息しています。(平成18年~26年の水辺の国勢調査)