芦田川流域は本州西南部にあたり、自然植生の特徴として、下流域の中州に分布するセイタカヨシ群落、カワヤナギーアカメヤナギ群落、オギ群落、ヨシ群落を挙げることができます。上流部では、流水の影響のある所にはツルヨシ等のつる性植物が優先しており、流水の影響のない所にはネムノキ、エゴノキが多くみられます。
中流部では、両岸の高水敷にはヨモギ、チガヤ、シバの群落が育成し、低水敷にはヨシ、クサヨシの群落が発達し、水湿地植物も出現しています。下流域では、チガヤ、ヨモギ、ギョウギシバ、メヒシバが全体に広がっています。
哺乳類は、上流域にホンドジカ、タヌキ、イタチが生息し、高茎草本群落にはカヤネズミが生息しています。
鳥類は、竹林にはサギ類のねぐらが存在し、草地にはヒバリが、高茎草本群落にはオオヨシキリが生息しています。