下流部は、三光土田付近から川幅は広くなり扇状地形を呈し、河道は県境を緩やかに蛇行し、大井手堰や平成大堰等による湛水域が広がります。瀬・淵は明瞭でなく、河床は礫から砂礫、砂へと変わっています。
水際にはヨシ・ツルヨシ群落、陸域にはオギ群落、河岸にはヤナギ類の河畔林が分布し、下宮永堰上流の水際部にはタコノアシが生育しています。
鳥類ではカワセミ、サギ類が生息し、春季~夏季にはオオヨシキリの繁殖場、冬季にはマガモ、ヨシガモ等のカモ類の越冬地となっており、堰による湛水域には、オイカワ、ウグイ、タナゴ類等の魚類が生息しています。
また、平成大堰下流及び下宮永堰下流の瀬はアユの産卵場となっており、下宮永堰から下流は大分県内水面漁業調整規則によりアユ漁の禁止区域に指定されています。
河口部は我が国でも有数の干潟が広がり、付近にはハマサジ、フクド、ホソバノハマアカザ等の貴重な塩生植物が生育し、水域には汽水・海水性のトビハゼ、サッパ、コノシロ、アオギス等の魚類やカブトガニ、ハクセンシオマネキやヘナタリガイ等の甲殻・貝類が生息しています。