大淀川の自然環境

当流域は、南九州の多雨地域に位置し、さらに上流域の都城盆地を形成しているシラス土壌に起因して豊富な水量に恵まれ、既存の各種用水については安定供給されています。また流域の一部が霧島錦江湾国立公園、九州中央山地国定公園の指定を受けるなど自然環境や景観も優れています。
　このような大淀川の流域には、それぞれの流域の気候風土に順応した多種多様な環境が形成され、それにともなう動植物も多数生息しています。

上流部

源流から都城盆地に至る上流部は、ほとんどがシラスによって形成された谷底平野が広がる市街地と田園地帯を緩やかに流下します。土の剥き出しとなっている自然河岸にカワセミやヤマセミが見られます。河床は砂礫層から成り、瀬にはヨシノボリ類、オイカワ、淵にはコイ等が生息します。高水敷のオギ群落等の草地にはカヤネズミ等が生息し、ゴマクサ等の明るい湿地環境を好む植物も生育しています。

中流部

日向山地と鰐塚山地に挟まれた山間狭窄部の中流部は、自然林と人工林が混在する険しい地形の中を瀬と淵を交互に形成しながら流下します。河岸は広葉樹林や竹林等の河畔林が形成されており、瀬にはアユ、淵にはカワアナゴ等が生息します。また河岸の樹林内にはコゲラ等が生息し、礫河原にはカジカガエル等が生息します。

下流部　（１）大淀川

宮崎平野が広がる下流部最上流端付近の山付き区間は、スダジイ等の照葉樹林が分布しており、その下流は、瀬や淵が交互にみられ、瀬にはアユの産卵場が多数存在し、淵にはコイ等、水際にはタコノアシ等の湿性植物が生育します。
　さらに流れが穏やかでやや深い淀みを有する汽水域には、多くの稚魚の生息場所となるコアマモ群落が分布し、その周辺には国内固有種で宮崎県や高知県などの一部の地域でしか大量に確認されていないアカメが生息します。また、汽水域の砂泥底にはクボハゼをはじめとしたハゼ類も多く生息します。河口周辺の砂浜ではアカウミガメの産卵がみられ、タブノキ等の河畔林で囲まれた丸島と呼ばれる中州は、ミサゴやサギ類等多くの鳥類が生息する多種多様な環境となっています。水量が豊富なことからスズキがアユを追って中流淡水域まで遡上し、そのスズキやアユなどを捕獲する伝統漁法（あば）も現存しています。

下流部　（２）本庄川

最大支川の本庄川流域は、四万十層群に覆われた急峻な地形を有し、国内でも貴重な照葉樹林帯の中を流れており、九州屈指の清流となっています。
　平野部にはいると蛇行が大きく、瀬や淵が交互にみられ、瀬にはアユの産卵場が多数存在します。広い低水敷に形成されたワンドには、ササバモやミズキンバイ等の水生植物が生育し、ミナミメダカ等の良好な生息環境を創り出しています。

河川水質について

河川水質については、本川では高崎川合流点より下流はＡ類型、高崎川合流点から岳下橋まではＢ類型、岳下橋より上流（鹿児島県境まで）はＡ類型に指定されており、BOD75%値で見ると、近年は環境基準をほぼ満足しています。
　また、大淀川流域では、大淀川水環境改善緊急行動計画（清流ルネッサンスⅡ）　が平成16年7月に策定され、さらなる水質の改善を目指し、関係市町村による下水道整備等の流域対策や、河川協力団体等による水質改善にむけた啓発活動等が行われています。