木庭橋付近から白石頭首工下流付近の中流部のうち、木庭橋付近から岩野川合流点付近までの区間は、菊鹿盆地に広がる田園地帯を蛇行しながら流下しています。
河川内には農業用の取水堰による湛水域が点在し、その間には瀬・淵が分布しています。
瀬や淵にはアユやオイカワ、ドンコ等が生息・繁殖しています。また、分田橋から山鹿大橋までの区間は、「菊池川のチスジノリ発生地」として国の天然記念物に指定されています。
水際にはツルヨシ群落や竹林等の河畔林が分布しており、ツルヨシ群落は、ムギツクやオオヨシキリ等の生息場、オヤニラミの産卵場として利用され、竹林は、アオサギ等の休息場として利用されています。
高水敷にはオギ群落が分布し、イネ科草本を食草や生息場としているイチモンジセセリやカヤネズミ等が生息しています。
以前は、河川と水田とが連続していたことから、メダカやタナゴ類が産卵や採餌、洪水時や干出時に避難するために互いを行き来し利用するなど、その生活史を支える多様な水域環境が多く存在していましたが、これまでの堤防整備等により治水安全度が向上した一方で、河川と堤内地の水路等に段差が生じている箇所もあり、その連続した環境が失われてきています。