高度経済成長期を中心に、自然災害に対する安全性や生活水準の向上と引き替えに、自然環境に大きな負荷を与えていた。過去に失われた自然を回復するためには、関係する多様な主体が参画し、科学的な見地から自然再生を進めることが必要である。このために、過去からの自然環境の変遷等についてデータベースの作成、水辺や干潟等の自然再生に関する技術開発及び環境共生政策の策定等を推進し、地域主体で水辺や湿地、干潟、藻場、緑地等の再生を進める。

○	国土の環境変化に関する調査と地理情報データベースの作成
	【平成16年度から、国土の環境変遷を明らかにするため、過去100年間の土地利用変化を現代の測量技術によって調査するとともに、地理情報システム（GIS）で利用可能な形でのデータ整備に着手】
○	流域の自然環境や湖沼・湿原に関する調査の推進
	【河川流域の自然環境を解明するための地理調査を推進する。また、特に脆弱な環境である湖沼・湿原に関する総合的な地理調査を順次実施するとともに、平成16年度からデータの提供を開始】
○	自然再生技術の開発
	【平成16年度までに、約２割の絶滅危惧種が依存する湿地や干潟の効果的な再生を図るため、河川や内湾・沿岸域における環境評価手法、再生・管理技術を確立】
○	新たなエコポート（環境と共生する港湾）政策の策定
	【平成16年度に、地球規模での良好な環境の保全や持続可能な発展への要請に応えるため、沿岸域における港湾環境政策の基本的方向を取りまとめた新たなエコポート政策を策定】
○	自然再生事業の推進
	【河川における魚類等の移動障害となる横断工作物の魚道設置・改善について、平成16年内にガイドラインを作成し、平成17年度より全河川を対象に横断工作物に魚道設置や改善を本格実施】 【都市及び都市近郊において、里山等の緑地の再生をすすめるとともに、良好な樹林地等の保全・再生・管理技術を開発し、平成17年度に緑地の保全・再生活動事例集（ガイドブック）を作成】 【沿岸域における干潟・藻場等の保全・再生・創出等を引き続き推進するとともに、平成16年度に、海域環境の改善施策や環境配慮・共生型構造物の事例を収集した海域環境創造事例集を作成】 【平成17年度までに、海岸における環境改善施策や環境に配慮した海岸事業等について事例集を作成】
○	沿岸域の環境モニタリング・予測技術及び環境再生・創造技術の開発
	【平成16年度に沿岸域の環境モニタリングを行い、各種環境データベースを整備し、それに基づく環境の予測・評価システムを構築。さらには、人工の干潟・藻場の造成技術を確立するとともに、海域の底質（化学物質）の影響評価及び改善技術を開発】