(2)河川環境に関する調査研究  河川工学や水質のみならず、生物学や生態学など様々な分野の専門家と連携して、河川の物理的環境と生物の生息・生育環境との相互関係などの未解明の部分を明らかにしていくことが重要である。 ○河川水辺の国勢調査  河川やダム湖に生息・生育する生物の生息・生育状況等を、全国の水系で定期的・継続的に調査している。 ○河川生態学術研究  多摩川、千曲川、木津川、北川において、現地調査をベースに、生態学的な観点から河川のあるべき姿を探るため、工学・生態学の学際的な共同研究を進めている。 ○自然共生研究センター  岐阜県の木曽川三派川地区に、世界最大級(延長約800m)の実験水路3本をもつ自然共生研究センターを設け、瀬・淵等の河川形状と生物の生息・生育状況との関係等の研究を推進している。