輸送の安全の確保は輸送機関の基本的な使命である。そこで、ＪＲは、安全対策（推進）部（室）の設置及び社員教育の徹底により事故防止体制を整備するとともに、保安施設の整備を進めることにより、鉄道運転事故の件数を減少させることに対して最大限の努力を講じてきた。
こうした努力の結果、列車の衝突、脱線等を生じた運転事故件数及び列車百万キロ当たりの運転事故件数は減少しており〔１−３−２３図〕、死傷者数も３年度以降減少している〔１−３−２４図〕。また、ＪＲは７年１月の阪神・淡路大震災の際の教訓を踏まえ、施設の耐震性の向上及び地震発生時の列車の安全確保に努めている。