船舶航行の安全を確保するとともに、海域環境の保全を図るため、東京湾、伊勢湾、瀬戸内海、有明・八代海(港湾区域、漁港区域を除く)において、海面に浮遊するごみや油の回収を国の回収船により実施しています。
また、平成9年1月に発生したナホトカ号油流出事故など、大量の油が流出した場合の緊急防除作業に際しても全国的に運用する大型油回収船の「清龍丸」「海翔丸」「白山」をはじめとする油回収船を速やかに事故現場海域に派遣し、流出油の回収を行っています。
この他に、閉鎖性海域の水質を把握するための環境整備船によるモニタリング調査を実施しています。
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