第一　指定公益法人の行う認定事務の根拠等について

1　譲渡予定価額又は取得予定価額に係る認定事務の根拠

一　租税特別措置法第三六条の六に規定する特定の居住用財産の買換え及び交換の場合の長期譲渡所得の課税の特例(以下「特定の居住用財産の買換え特例」という。)の適用を受けるに当たっては、同条第一項に規定する譲渡資産である土地又は土地の上に存する権利(以下「譲渡土地等」という。)の対価の額及び買換資産である土地又は土地の上に存する権利(以下「買換土地等」という。)の対価の額が当該譲渡又は取得に係る適正な対価の額として政令で定める金額以下であることが要件とされており、租税特別措置法施行令第二四条の五第一項第四号の規定により、国土利用計画法(昭和四九年法律第九二号)第一四条第一項の規定による許可を受けて譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得をする場合、同法第二三条第一項の規定による届出(以下「届出」という。)をし、かつ、同法第二四条第一項又は第二七条の四第一項の規定による勧告を受けないで譲渡土地等の譲渡若しくは買換土地等の取得をする場合又は国土利用計画法施行令(昭和四九年政令第三八七号)第一七条第七号若しくは第八号に掲げる場合に該当するため届出をしないで譲渡土地等の譲渡若しくは買換土地等の取得をする場合以外の譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得をするときには、国土庁長官及び建設大臣の定めるところにより、譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得に係る予定価額(譲渡又は取得の対価の額として予定している金額をいう。以下同じ。)につき指定公益法人に対して申請をし、かつ、当該法人から譲渡土地等の譲渡に係る予定価額(以下「譲渡予定価額」という。)又は買換土地等の取得に係る予定価額(以下「取得予定価額」という。)が適正である旨の認定(以下「認定」という。)を受ける必要がある。

当該認定を受けた場合においては、当該認定を受けた譲渡予定価額又は取得予定価額以下の価額で当該譲渡土地等の譲渡又は当該買換土地等の取得に係る契約を締結した上で、租税特別措置法施行規則第一八条の四第一項第四号の規定により、指定公益法人の当該譲渡土地等の譲渡又は当該買換土地等の取得に係る予定価額が適正である旨の認定の通知に係る文書(以下「譲渡予定価額に係る認定書」又は「取得予定価額に係る認定書」という。)の写し及び当該譲渡土地等の譲渡又は当該買換土地等の取得に係る対価の額を明らかにする書類を確定申告書に添付することが必要である。

二　この指定公益法人による譲渡予定価額又は取得予定価額が適正である旨の認定に係る手続(以下「事前審査」という。)については、告示に記載されているとおりであるが、さらに詳細な手続等については、第二(指定公益法人の行う認定の手続きについて)に定めるとおりである。

2　譲渡価額又は取得価額に係る認定事務の根拠

一　租税特別措置法施行規則第一八条の四第二項の規定により、告示第一の規定による申請を行った個人が、指定公益法人の認定の通知を受けた後に当該認定を受けた譲渡予定価額若しくは取得予定価額を超える価額で当該譲渡土地等の譲渡若しくは当該買換土地等の取得に係る契約を締結した場合又は災害その他のやむを得ない事情により告示第一の規定による申請を行わずに譲渡土地等の譲渡若しくは買換土地等の取得をした場合には、国土庁長官及び建設大臣の定めるところにより、譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得に係る対価の額につき指定公益法人に対して申請をし、かつ、当該法人から譲渡土地等の譲渡に係る対価の額(以下「譲渡価額」という。)又は買換土地等の取得に係る対価の額(以下「取得価額」という。)が適正である旨の認定を受ける必要がある。また、告示第二の規定により、指定公益法人の認定を受けた申請に係る譲渡資産若しくは買換資産に係る予定価額を超える価額で当該譲渡資産の譲渡若しくは買換資産の取得に係る契約を締結した場合においても、譲渡価額又は取得価額が適正である旨の認定を受ける必要がある。

当該認定を受けた場合においては、租税特別措置法施行規則第一八条の四第二項の規定により当該譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得に係る対価の額が適正である旨の認定の通知に係る文書(以下「譲渡価額に係る認定書」又は「取得価額に係る認定書」という。)の写し及び当該譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得に係る対価の額を明らかにする書類を確定申告書に添付することが必要である。

二　この指定公益法人による譲渡価額又は取得価額が適正である旨の認定に係る手続(以下「事後審査」という。)については、告示に記載されているとおりであるが、さらに詳細な手続等については、第二(指定公益法人の行う認定の手続きについて)に定めるとおりである。

第二　指定公益法人の行う認定の手続について

1　申請に係る事務処理について

事前審査又は事後審査に係る事務処理に当たっては、次の事項に留意すること。

一　認定の申請は、事前審査にあっては別記様式第一の11)又は2)の申請書により、また、事後審査にあっては別記様式第二の11)又は2)の申請書により行うこととする。申請書の記載事項は、告示第一第一項各号又は第二第一項各号に掲げる事項であり、その記載要領は別紙の「認定申請書記載要領」によること。

二　審査に当たっては、告示第一第二項又は第二第二項に定める添付書類のほか、必要に応じ、所要の資料等の提出を求めることは差し支えないものであること。

三　申請書は、原則として、正本及び副本各一部を提出するものとし、事務処理上追加部数の提出を求める場合にあっては、申請者に過重の負担を課することとならないよう配慮すること。

四　事前審査に係る申請を行った後に、申請者が申請した譲渡予定価額又は取得予定価額について変更(その額を減額する場合を除く。以下「増額変更」という。)をして当該譲渡又は取得に係る契約を締結しようとする場合には、当該事前審査に係る申請を行った指定公益法人に対して、増額変更をしようとする予定価額に基づく申請書を速やかに提出させること。

なお、当該増額変更に係る申請は、同一物件であっても、価格設定根拠等が異なる新規の申請となるので留意すること。

五　指定公益法人は、事前審査にあっては、申請を受理してから六週間以内に、別記様式第一の2の認定書又は第一の3の通知書を遅滞なく申請者に交付するよう申請に係る譲渡予定価額又は取得予定価額の審査(以下「予定価額の審査」という。)を行うものとする。また、事後審査にあっては、申請を受理してから六週間以内に、別記様式第二の2の認定書又は第二の3の通知書を遅滞なく申請者に交付するよう申請に係る譲渡価額又は取得価額の審査(以下「価額の審査」という。)を行うものとする。

六　申請書が提出されたときは、おおむね次の要領により処理するものとする。

ア　申請書が提出されたときは、遅滞なく、「認定申請書記載要領」に従い、その記載事項等について形式審査し、これが適正である場合には受理すること。この場合において、受理すべき申請書とは、告示に定められた必要な事項がすべて記載され、かつ、添付すべき書類がすべて添付されているものをいう。なお、申請書に不備があった場合には、適正となった時点で受理すること。

イ　事後審査の申請に係る譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得が既に事前審査を受けたものである場合において、当該事前審査による「譲渡予定価額に係る認定書」又は「取得予定価額に係る認定書」の通知がされているときには、当該認定書の提出を求め、これを収受した上で、事後審査に係る申請書の受理を行うこと。

ウ　災害その他のやむを得ない事情により事前審査を受けなかった場合には事後審査に係る申請を行うこととされているが、この場合のその他のやむを得ない事情とは、申請をする者の重傷病その他の自己の責めに帰さないやむを得ない事情に限られることに留意すること。なお、この場合には、当該やむを得ない事情を記載した書類を申請書に添付させること。

エ　事後審査の申請は、告示第二において譲渡土地等の譲渡若しくは買換土地等の取得に係る契約を締結した日(以下「契約締結日」という。)から原則として三か月を経過する日又は当該譲渡若しくは当該取得の日の翌年の一月一五日のいずれか早い日までに行うこととされているが、災害その他のやむを得ない事情によりこれらの期限を過ぎて申請があった場合には当該申請を受け付けることは差し支えないこと。なお、譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得に係る契約を締結した場合において、当該譲渡又は取得の日の翌年の一月一五日を過ぎて事後審査の申請があったときには、認定は遅くとも当該譲渡に係る所得税の申告期限までに行うことに努めること。

オ　租税特別措置法施行規則第一八条の四第三項の規定により、確定申告書の提出がなかった場合又は確定申告書に譲渡土地等の譲渡若しくは買換土地等の取得に係る指定公益法人の認定書の写しが添付されていない場合において、その提出又は添付がされていないことにつきやむを得ない事情があるときには、当該認定書の写しの提出があった場合に限り、特定の居住用財産の買換え特例の適用を受けられることとされていることから、指定公益法人は、申請者から確定申告書を期限内に提出しなかったこと又は事前審査若しくは事後審査に係る申請を行わなかったことにつきやむを得ない事情があると認められる場合には、当該申請に係る審査を速やかに行うこと。

カ　申請者から既に通知した認定書を紛失したこと等により再発行を求められた場合には、速やかに当該認定書を再通知することに留意すること。

キ　譲渡土地等又は買換土地等が共有に係るものである場合には、共有持分を有する者ごとの申請について事前審査又は事後審査を行うのではなく、当該譲渡土地等又は買換土地等について共有持分を有する者の連名による申請について事前審査又は事後審査を行うこと。

ク　特定の居住用財産の買換え特例は、譲渡資産の対価の額が一億円以下であるものが対象とされているが、譲渡資産が共有に係るものである場合又は譲渡資産が店舗併用住宅等である場合には、譲渡資産全体が一億円を超えるものであっても、当該買換え特例の対象となるものもあるので、そのような譲渡資産に係る申請の場合には、当該譲渡資産に係る譲渡予定価額又は譲渡価額の審査を行うものであることに留意すること。なお、その場合には、譲渡資産の全体の価額が適正であるかどうかについて審査を行うものであること。

七　次に掲げる場合については、申請書を受理することはできないので留意すること。

ア　譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得が国土利用計画法第一四条第一項に規定する許可を要するものである場合又は同法第二三条第一項に規定する届出を要するものである場合若しくは国土利用計画法施行規則第二一条第一項に規定する確認を受けたものである場合

イ　譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得の相手方が国土利用計画法第一八条に規定する国等(国、地方公共団体、港務局、住宅・都市整備公団、日本道路公団、森林開発公団、首都高速道路公団、雇用促進事業団、水資源開発公団、阪神高速道路公団、地域振興整備公団、石炭鉱害事業団、日本鉄道建設公団、環境事業団、新東京国際空港公団、地方住宅供給公社、日本勤労者住宅協会、石油公団、空港周辺整備機構、本州四国連絡橋公団、地方道路公社、土地開発公社、農用地整備公団及び日本国有鉄道清算事業団)である場合

ウ　新住宅市街地開発法(昭和三八年法律第一三四号)第四五条第一項の規定による施行者から同法及び同法第二二条第一項の認可を受けた処分計画に従って買換土地等の取得をした場合

2　予定価額の審査又は価額の審査について

一　予定価額の審査又は価額の審査に当たっては、告示第一第一項第八号イからホまでの事項(告示第二の規定による申請に係るものを含む。)に応じて、以下の点に留意すること。

ア　告示第一第一項第八号イの場合　譲渡資産若しくは買換資産である土地又は譲渡資産若しくは買換資産である土地の上に存する権利が設定されている土地(以下「譲渡又は取得に係る土地」という。)の近傍に存する類似した利用価値を有する地価公示法(昭和四四年法律第四九号)第二条第一項に規定する標準地又は国土利用計画法施行令第七条第一項に規定する基準地(以下「近傍の標準地又は基準地」という。)の地価公示法第八条に規定する公示価格(以下「公示価格」という。)又は国土利用計画法施行令第九条第一項に規定する標準価格(以下「標準価格」という。)と譲渡土地等又は買換土地等の予定価額又は価額とを比較する場合においては、別記様式第一の51)又は2)の土地概要説明書により格差の修正を行う必要があること。

この場合において、標準地又は基準地が近傍に存する類似した利用価値を有するものであるかどうかの判定は、近傍に存していること、かつ、都市計画法(昭和四三年法律第一〇〇号)第八条第一項第一号に規定する用途地域(以下「用途地域」という。)が定められている場合には当該譲渡又は取得に係る土地の属する用途地域の次に掲げる表における区分と当該近傍の標準地又は基準地の属する用途地域の同表における区分とが同一であること、建築基準法(昭和二五年法律第二五一号第五二条)に規定する建築物の延べ面積の敷地面積に対する割合(以下「容積率」という。)及び同法第五三条に規定する建築物の建築面積の敷地面積に対する割合(以下「建ぺい率」という。)が著しく異ならないものであること等により判断すること。

(注)　地方公共団体による用途地域の変更が行われるまでは、住宅地の区分は「第一種住居専用地域」「第二種住居専用地域」及び「住居地域」であることに留意する必要がある。

また、近傍の標準地又は基準地に係る公示価格又は標準価格は、指定公益法人が申請を受理した日前一年以内に、公示又は公表された価格に限られること。

イ　告示第一第一項第八号ロの場合　近傍の標準地又は基準地に係る公示価格又は標準価格は、指定公益法人が申請を受理した日前一年以内に公示又は公表された価格に限られること。また、譲渡又は取得に係る土地及びその近傍の標準地又は基準地の地方税法(昭和二五年法律第二二六号)第三四一条第一〇号に規定する土地課税台帳又は同条第一一号に規定する土地補充課税台帳に現に記載されている価額(以下「固定資産税評価額」という。)については、添付された書類によりその適否を確認すること(ウの告示第一第一項第八号ホの場合においても同じ。)。

ウ　告示第一第一項第八号ニ又はホの場合　譲渡又は取得に係る土地の近傍類地は、国土利用計画法第一四条第一項に規定する許可を受けたもの、同法第二三条第一項の届出をし、かつ、同法第二四条第一項若しくは同法第二七条の四第一項の規定による勧告を受けなかったもの又は国土利用計画法施行規則(昭和四九年総理府令第七二号)第二一条第一項に規定する確認(以下「事前確認」という。)を受けたもの(以下「国土利用計画法に係る取引事例」という。)に限られるものであること。国土利用計画法に係る取引事例であることの確認は、それぞれ告示第一第二項第五号ニに掲げる書類によること。

この場合において、譲渡又は取得に係る土地の近傍類地であるかどうかの判定は、近傍に存していること、かつ、用途地域が定められている場合には当該譲渡又は取得に係る土地の属する用途地域の前記アに掲げる表における区分と当該近傍類地の属する用途地域の同表における区分とが同一であること、容積率及び建ぺい率が著しく異ならないものであること等により判断すること。

また、譲渡又は取得に係る土地の近傍類地は、指定公益法人が申請を受理した日前一年以内に土地の売買契約が締結されたもの又は指定公益法人が申請を受理してから六週間以内に土地の売買契約が締結されることが確実であるものに限られること。この場合、当該契約締結の有無は契約が締結されたものについては契約書の写し又は登記簿謄本の写しによって確認することとし、当該契約が締結されることが確実であるものについては、申請者に指定公益法人が申請を受理してから六週間以内に当該契約書の写し又は権利移転後の登記簿謄本の写しを提出させることによって当該契約締結の事実を確認することとし、その上で予定価額の審査又は価額の審査を行うこと。

なお、譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得に係る土地及び借地権等が設定された土地について、告示第一又は第二により認定を受けたことのみをもっては近傍類地に該当しないことに留意すること。

二　告示第一第二項第六号のその他指定公益法人が必要と認める書類とは、土地等に係る登記簿謄本の写し、宅地建物取引業法第三五条に規定する重要事項説明書の写し、前記第一号ウの契約書の写し又は登記簿謄本の写し等をいう。

三　指定公益法人は、申請に係る予定価額又は価額が適正であると認められないと考えられる場合には、別記様式第一の31)若しくは2)又は別記様式第二の31)若しくは2)による通知を行う前に、申請者にその旨を連絡し、申請者が申請書の記載事項についての追加記載又は添付書類の追加提出等を行う場合にはこれを受理した上で再審査して差し支えないこと。

四　譲渡土地等又は買換土地等が建物等(建物及びその付属設備又は構築物をいう。)と一体として取引されるものである場合には、別記様式第一の4の「譲渡資産又は買換資産に係る予定価額又は価額のうち譲渡土地等又は買換土地等の予定価額又は価額と建物及びその付属設備又は構築物の予定価額又は価値との区分を示す明細書」により譲渡土地等又は買換土地等の予定価額又は価額と建物等の予定価額又は価額との区分が合理的に行われているかどうかを審査すること。

なお、申請された譲渡土地等又は買換土地等の予定価額又は価額が、次に掲げる方法により算定したものである場合には、予定価額の審査又は価額の審査を行う上で、当該区分が合理的に行われているものとして取り扱っても差し支えない。

〔譲渡土地等又は買換土地等の予定価額又は価額〕＝(譲渡資産又は買換資産に係る予定価額又は価額−建物等の予定価額又は価額)

(注)建物等の予定価額又は価額は次により計算した金額とする。

1)　消費税額に基づき計算した額

2)　消費税が課税されない場合において、不動産鑑定業者又は宅地建物取引業者等が合理的な方法により計算した額

3)　建物等について消費税が課税されない場合及び2)による計算が困難である場合に限り指定公益法人が適当と認める方法により計算した額

3　認定について

一　指定公益法人は、告示第一に基づき申請された譲渡予定価額又は取得予定価額が著しく適正を欠くものではないと認める場合には、申請を受理してから六週間以内に、別記様式第一の21)又は2)の「譲渡予定価額に係る認定書」又は「取得予定価額に係る認定書」を交付すること。

また、告示第一に基づき申請された譲渡予定価額又は取得予定価額が著しく適正を欠くものと認める場合には、申請を受理してから六週間以内に、別記様式第一の31)又は2)の「譲渡予定価額に係る通知書」又は「取得予定価額に係る通知書」を交付すること。

二　告示第一に基づき申請を行い、譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得に係る予定価額について指定公益法人の認定の通知を受けた場合において、当該認定を受けた予定価額を超える価額で当該譲渡土地等の譲渡若しくは当該買換土地等の取得に係る契約を締結したとき及び当該認定を受けた申請に係る譲渡資産若しくは買換資産に係る予定価額を超える価額で当該譲渡資産の譲渡若しくは当該買換資産の取得に係る契約を締結したときは、指定公益法人が行った当該認定の通知は、租税特別措置法施行規則第一八条の四第一項第四号イに規定する認定の通知には該当しないものとなることから、そのような場合には特定の居住用財産の買換特例の適用は受けられなくなる旨を申請者に対して説明すること。

三　指定公益法人は、告示第二に基づき申請された譲渡価額又は取得価額が著しく適正を欠くものではないと認める場合には、申請を受理してから六週間以内に、別記様式第二の21)又は2)の「譲渡価額に係る認定書」又は「取得価額に係る認定書」を交付すること。

また、告示第二に基づき申請された譲渡価額又は取得価額が著しく適正を欠くものと認める場合には、申請を受理してから六週間以内に、別記様式第二の31)又は2)の「譲渡価額に係る通知書」又は「取得価額に係る通知書」を交付すること。

四　指定公益法人は、告示第一第四項又は第二第三項若しくは第六項の規定により、予定価額の審査を行う上で、必要があると認められる場合には、申請書を受理した指定公益法人以外の指定公益法人に対し、当該申請書を送付し、かつ、その旨を当該申請書の提出者に通知することができることとされている。この場合において、予定価額の審査を行う上で、必要があると認められる場合とは、申請書を受理した指定公益法人に申請が集中する等により、適正な事務処理を行うことが困難となる場合等をいう。

なお、この場合には、当該送付を行った指定公益法人は、当該申請書の提出者に対し、送付を行った旨及び送付先の指定公益法人名を速やかに通知するものとする。

第三　指定公益法人の行う認定事務の施行上留意すべき事項について

1　認定事務に係る手数料を徴する場合における当該手数料の金額は、事前審査又は事後審査につき、実費の範囲内で、申請者の負担も勘案して適正なものとすること。また、予定価額の審査又は価額の審査は、当該手数料を徴してから行うこととし、譲渡予定価額又は取得予定価額の増額変更による申請については新規の申請となるので、新たに手数料を徴してから予定価額の審査を行うこと。

なお、申請者が申請書の記載事項についての追加記載又は添付書類の追加提出等を行った場合における再審査については、新たに手数料を徴しないこと。

2　譲渡予定価額若しくは取得予定価額又は譲渡価額若しくは取得価額が適正であると認められない場合であっても、受領した手数料は返還する必要はないこと。

3　指定公益法人は、国土庁長官又は建設大臣から本認定事務の施行状況について文書若しくは口頭による説明又は資料の提出を求められた場合には、これに応ずるものとする。

また、指定公益法人は、受理した申請書及び当該添付書類から知り得た事実を開示してはならず、それらに関する書類等を五年間整理保管するものとする。

4　指定公益法人の認定に係る事務の施行が適切を欠くと認められる場合には、国土庁長官及び建設大臣は指定の取消を行うことができ、また、当該指定公益法人の主務大臣によって監督上の処分が行われるものであること。

5　指定公益法人は、告示により申請者が指定公益法人のいずれか一の法人に対して申請しなければならないこととされていることを担保するために、指定公益法人の間で緊密に連絡を取ること。

6　指定公益法人は、認定事務の円滑な実施を図るため、別添「指定公益法人認定事務施行細則(例)」を参考として施行細則を定め、これを申請者等に対して周知すること。

第四　経過措置について

平成五年四月一日前に譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得に係る売買契約が締結され、かつ、譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得が同日以後に行われた場合の当該譲渡又は取得についての申請は、災害その他のやむを得ない事情があるかどうかにかかわらず、事後審査に係る申請の手続等によるものであることに留意すること。

なお、この場合には、当該譲渡土地等の譲渡又は買換土地等の取得の日から三か月を経過する日までに申請を行うものであればよいことに留意すること。