| 大臣官房 | ○地方支分部局 | |||
| 総合政策局 | 東北地方整備局 | |||
| 国土計画局 | 関東地方整備局 | |||
| 土地・水資源局 | 北陸地方整備局 | |||
| 都市・地域整備局 | 中部地方整備局 | |||
| 河川局 | 近畿地方整備局 | |||
| 道路局 | 中国地方整備局 | |||
| 住宅局 | 四国地方整備局 | |||
| 鉄道局 | 九州地方整備局 | |||
| 自動車交通局 | 北海道開発局 | |||
| 海事局 | 北海道運輸局 | |||
| 港湾局 | 東北運輸局 | |||
| 航空局 | 関東運輸局 | |||
| 北海道局 | 北陸信越運輸局 | |||
| 政策統括官 | 中部運輸局 | |||
| 近畿運輸局 | ||||
| ○施設等機関 | 中国運輸局 | |||
| 国土交通政策研究所 | 四国運輸局 | |||
| 国土技術政策総合研究所 | 九州運輸局 | |||
| 国土交通大学校 | 神戸運輸監理部 | |||
| 航空保安大学校 | 沖縄総合事務局(開発建設部) | |||
| ○特別の機関 | ○外局 | |||
| 国土地理院 | 観光庁 | |||
| 小笠原総合事務所 | 気象庁 | |||
| 海難審判所 | 運輸安全委員会 | |||
| 海上保安庁 | ||||