石狩川水系
石狩川、茨戸川、真勲別川、石狩放水路、伏籠川、創成川 篠路新川、雁来新川、当別川、豊平川、厚別川、月寒川 望月寒川、豊平峡ダム、定山渓ダム、千歳川、旧夕張川 漁川、嶮淵川、漁川ダム、篠津川、千歳川、夕張川、幌向川 夕張シューパロダム、幾春別川、美唄川、産化美唄川 旧美唄川、第二幹川、須部都川、桂沢ダム、空知川、滝里ダム 金山ダム、奈井江川、徳富川、尾白利加川、雨竜川、大鳳川 恵岱別川

後志利別川水系
後志利別川、美利河ダム

尻別川水系
尻別川

石狩川・天塩川水系
石狩川、オサラッペ川、忠別川、美瑛川、辺別川、牛朱別川 永山新川、大雪ダム、忠別ダム、天塩川、名寄川、サンルダム 岩尾内ダム

沙流川・鵡川水系
沙流川、二風谷ダム、平取ダム、鵡川

釧路川水系
釧路川、新釧路川、オソベツ川

十勝川水系
十勝川、途別川、士幌川、札内川、戸蔦別川、帯広川 音更川、然別川、十勝ダム、札内川ダム、猿別川、浦幌十勝川 浦幌川、下頃辺川、浦幌十勝導水路、牛首別川、利別川 十弗川

網走川・常呂川・湧別川・渚滑川水系
網走川、美幌川、常呂川、無加川、鹿ノ子ダム、湧別川 渚滑川

天塩川・留萌川水系
雄信内川、問寒別川、留萌川、留萌ダム

岩木川・馬淵川水系
岩木川、旧大蜂川、平川、浅瀬石川、土淵川、馬淵川

高瀬川水系
高瀬川

北上川水系
北上川、赤川、雫石川、中津川、猿ヶ石川、豊沢川、和賀川 人首川、胆沢川、磐井川、砂鉄川

名取川・阿武隈川水系
名取川、広瀬川、笊川、阿武隈川、白石川

北上川・鳴瀬川水系
北上川、二股川、旧北上川、追波川、江合川、新江合川 鳴瀬川、多田川、鞍坪川、吉田川、善川、竹林川

鳴瀬川水系
筒砂子ダム、漆沢ダム

子吉川・雄物川水系
子吉川、石沢川、雄物川、旧雄物川

雄物川水系
雄物川、皆瀬川、成瀬川、大納川、横手川、丸子川、玉川

米代川水系
米代川、小猿部川、藤琴川、森吉山ダム

子吉川水系
鳥海ダム

雄物川水系
成瀬ダム

最上川水系
最上川、元宿川、鬼面川、誕生川、天王川、和田川、吉野川 置賜白川、須川、村山野川、寒河江川、馬見ヶ崎川、貴船川 石子沢川

最上川・赤川水系
最上川、京田川、立谷沢川、相沢川、赤川、大山川、内川

最上川水系
最上川、丹生川、最上小国川、鮭川、真室川、金山川 泉田川

阿武隈川水系
阿武隈川、笹原川、釈迦堂川、広瀬川、摺上川、松川 荒川

岩木川水系
津軽ダム、浅瀬石川ダム

北上川水系
四十四田ダム、御所ダム、田瀬ダム、湯田ダム、胆沢ダム

北上川水系
鳴子ダム

名取川水系
釜房ダム

阿武隈川水系
七ヶ宿ダム

雄物川水系
玉川ダム

赤川水系
月山ダム

最上川水系
寒河江ダム、白川ダム、長井ダム

阿武隈川水系
三春ダム

阿武隈川水系
摺上川ダム

久慈川・那珂川水系
久慈川、里川、山田川、那珂川、涸沼川(涸沼を含む） 桜川、藤井川

利根川水系
小貝川、大谷川、鬼怒川、田川放水路

利根川水系
常陸利根川、鰐川、北浦、横利根川、霞ヶ浦

利根川水系
烏川、神流川、鏑川、碓氷川、矢木沢ダム、須田貝ダム 奈良俣ダム、下久保ダム

利根川水系
八ッ場ダム

利根川水系
利根川、鬼怒川、渡良瀬川、思川、巴波川、小山川、広瀬川 早川、南摩ダム、西ノ入沢川、栗沢川）

利根川・荒川水系
武蔵水路、荒川、入間川、越辺川、小畔川、都幾川、高麗川 滝沢ダム、浦山ダム、大洞ダム

利根川水系
利根川、横利根川、長門川、小貝川、手賀川、北千葉導水路

荒川水系
荒川、綾瀬川、隅田川

多摩川・鶴見川・相模川水系
多摩川、大栗川、浅川、鶴見川、矢上川、早淵川、鳥山川 相模川

富士川水系
富士川、早川、笛吹川、蛭沢川、五割川、濁川、重川 日川、御勅使川、塩川

利根川水系
川俣ダム、五十里ダム、川治ダム、湯西川ダム

利根川水系
五十里ダム

利根川水系
湯西川ダム

利根川水系
川俣ダム

利根川水系
川治ダム

利根川水系
藤原ダム

利根川水系
相俣ダム

利根川水系
薗原ダム

利根川水系
江戸川、旧江戸川、利根運河、中川、綾瀬川、坂川、坂川放水路 大場川、大場川放水路、第二大場川、三郷放水路、綾瀬川放水路 北千葉導水路、首都圏外郭放水路

利根川水系
渡良瀬川、秋山川、矢場川、多々良川、旗川、桐生川 蓮台寺川放水路、草木ダム

相模川水系
宮ヶ瀬ダム

荒川水系
二瀬ダム

利根川水系
品木ダム

利根川水系
八ッ場ダム，藤原ダム、相俣ダム、薗原ダム

関川・姫川水系
関川、保倉川、姫川

荒川水系
荒川、大石川、大石ダム、横川ダム

信濃川水系
信濃川、太田川、大河津分水路、魚野川

信濃川水系
信濃川、中ノ口川、関屋分水路

阿賀野川水系
阿賀野川、早出川

常願寺川・神通川・小矢部川・庄川水系
常願寺川、神通川、井田川、熊野川、西派川、小矢部川 渋江川、庄川

黒部川水系
黒部川、宇奈月ダム

庄川水系
利賀川

手取川・梯川水系
手取川、手取川ダム、梯川

阿賀野川水系
阿賀野川、湯川、日橋川、大川ダム

信濃川水系
信濃川、犀川・梓川、高瀬川、奈良井川

信濃川水系
三国川ダム

信濃川水系
大町ダム

狩野川水系
狩野川、黄瀬川、柿田川、大場川、来光川、柿沢川、狩野川放水路

安倍川・大井川水系
安倍川、藁科川、大井川

菊川・天竜川水系
菊川、牛渕川、丹野川、黒沢川、下小笠川、天竜川、新豊根ダム

天竜川水系
天竜川、小渋川、太田切川、三峰川、横川川、塩沢、丸山谷

豊川・矢作川水系
豊川、豊川放水路、間川、海老川、矢作川

庄内川水系
庄内川、矢田川、小里川ダム

木曽川水系
木曽川、長良川、揖斐川、犀川、天王川、五六川、伊自良川 牧田川、杭瀬川、根尾川、北派川、南派川、味噌川ダム 岩屋ダム、阿木川ダム、徳山ダム、横山ダム

木曽川水系
木曽川、長良川、揖斐川、肱江川、多度川

鈴鹿川・雲出川・櫛田川・宮川水系
鈴鹿川、内部川、鈴鹿川派川、安楽川、雲出川、雲出古川 中村川、波瀬川、櫛田川、祓川、佐奈川、宮川、大湊川 五十鈴川、勢田川

大井川水系
長島ダム

天竜川水系
小渋ダム、美和ダム

矢作川水系
矢作ダム

木曽川水系
丸山ダム

櫛田川水系
蓮ダム

天竜川水系
美和ダム

豊川水系
豊川、江ヶ沢川、鹿島川、境川

木曽川水系
新丸山ダム

淀川水系
淀川、琵琶湖、野洲川、高時川、奥川並川、鷲見川、尾羽梨川 針川

淀川水系
大戸川、田代川、水越川

由良川水系
由良川、土師川

淀川水系
淀川、芥川、桂川、木津川、東高瀬川、山科川、古川 旧淀川、寝屋川放水路、神崎川、日吉ダム

大和川水系
大和川、石川、曽我川、佐保川

円山川水系
円山川、奈佐川、出石川

加古川・揖保川水系
加古川、万願寺川、東条川、揖保川、中川、元川、林田川 栗栖川、引原川

淀川水系
猪名川、藻川、一庫・大路次川、田尻川、ガウナイ川 保ノ谷川、黒川、余野川、北山川、いぜん谷川、藤木川 いずま谷川、岩谷川

紀の川・新宮川水系
大滝ダム、猿谷ダム

紀の川水系
紀の川、貴志川

新宮川水系
熊野川、相野谷川、市田川

九頭竜川・北川水系
九頭竜川、日野川、北川、遠敷川

九頭竜川水系
部子川、下荒谷川、金見谷川、篭掛川、水海川

淀川水系
木津川、名張川、服部川、柘植川、宇陀川、青蓮寺川 布目ダム、比奈知ダム、高山ダム、室生ダム、青蓮寺ダム 川上ダム

淀川水系
天ヶ瀬ダム

九頭竜川水系
九頭竜ダム、真名川ダム

千代川水系
千代川、袋川、新袋川、八東川、殿ダム(袋川、神護川 古神護川）

天神川水系
天神川、小鴨川、国府川、三徳川

日野川水系
日野川、法勝寺川、菅沢ダム

斐伊川水系
斐伊川、大橋川、斐伊川放水路、神戸川、剣先川 八間川、尾原ダム、志津見ダム

江の川・高津川水系
江の川、高津川、高津川派川、白上川、匹見川

吉井川・旭川・高梁川水系
吉井川、金剛川、旭川、百間川、高梁川、高梁川派川 小田川

芦田川水系
芦田川、高屋川

江の川水系
江の川、神野瀬川、馬洗川、西城川、灰塚ダム、田総川 木屋川）

太田川・小瀬川水系
太田川、旧太田川、天満川、元安川、古川、三篠川、根谷川 戸坂川、滝山川、小瀬川

佐波川水系
佐波川、島地川ダム

江の川水系
土師ダム

小瀬川水系
弥栄ダム

芦田川水系
八田原ダム

太田川水系
温井ダム

吉井川水系
苫田ダム

高梁川水系
高梁川、小田川

吉野川水系
吉野川、旧吉野川、今切川、鍋川、ほたる川

那賀川水系
那賀川、派川那賀川、桑野川、坂州木頭川、菖蒲谷川 拝宮谷川、長安口ダム

土器川水系
土器川

重信川水系
重信川、石手川、石手川ダム

肱川水系
肱川、矢落川

肱川水系
山鳥坂ダム

物部川・仁淀川水系
物部川、仁淀川、波介川、宇治川、日下川放水路、新宇治川放水路

渡川水系
四万十川、中筋川、後川

渡川水系
中筋川ダム、横瀬川ダム

吉野川水系
吉野川、銅山川、早明浦ダム、富郷ダム、柳瀬ダム、新宮ダム 池田ダム

肱川水系
野村ダム、鹿野川ダム

仁淀川水系
大渡ダム

本明川水系
本明川、半造川、福田川、富川

大分川・大野川水系
大分川、七瀬川、賀来川、大野川、乙津川、判田川、立小野川

小丸川・大淀川水系
小丸川、宮田川、大淀川、八重川、本庄川、深年川、綾北川 高崎川、庄内川、沖水川

筑後川・矢部川水系
筑後川、花月川、庄手川、玖珠川、竹の迫川、赤石川 隈上川、巨瀬川、小石原川、佐田川、宝満川、新宝満川 高良川、広川、安良川、坂口川、田手川、城原川、早津江川 佐賀江川、江川ダム、寺内ダム、大山ダム、矢部川、飯江川 楠田川

遠賀川水系
遠賀川、西川、黒川、笹尾川、犬鳴川、八木山川、彦山川 中元寺川、金辺川、穂波川

筑後川・松浦川・六角川・嘉瀬川水系
西佐賀導水路、東佐賀導水路、松浦川、徳須恵川、厳木川 厳木ダム、六角川、牛津川、武雄川、嘉瀬川、祇園川 嘉瀬川ダム

白川・緑川水系
白川、緑川、浜戸川、加勢川、御船川

球磨川水系
球磨川、南川、前川、川辺川

球磨川水系
川辺川、五木小川

菊池川水系
菊池川、繁根木川、木葉川、岩野川、合志川、迫間川 上内田川、鳳木川、竜門ダム

白川水系
白川、黒川

番匠川水系
番匠川、堅田川、井崎川、久留須川

五ヶ瀬川水系
五ヶ瀬川、大瀬川、祝子川、北川、友内川

川内川水系
川内川、八間川、隈之城川、樋渡川、羽月川、綿打川 長江川

肝属川水系
肝属川

緑川水系
緑川ダム

筑後川水系
松原ダム、下筌ダム、津江川、上野田川、川原川

川内川水系
鶴田ダム

山国川水系
山国川、中津川、山移川、物部川、辷川、長谷川、白水川 耶馬溪ダム