港湾全体では、１兆４，２３５億円、２６．５％増となった。
内訳をみると、港湾整備事業では、名古屋港、神戸港等１９港における国際海上コンテナターミナルの整備、北九州港、十勝港等１９港における複合一貫輸送に対応したターミナルの整備、長崎港、那覇港等３９港における港湾の再開発、東京港、広島港等３９港と大阪湾における廃棄物海面処分場等の整備を重点課題として事業を推進しており、阪神・淡路大震災の復興対策事業の補正予算もあって、総額では９，４２６億円、３３．９％増となった。海岸事業では、東京港、新潟港、津田港等２５２港で海岸保全施設等の整備、神戸港、博多港等１１３港で海岸環境の整備が進められ、１，１７９億円、４４．７％増となった。