従来、日本籍船であって日本の船社が配乗権を有するものについては、陸上労働者の受入れに関する閣議了解を準用して、外国人船員を配乗しないように行政指導を行っている。これに対し、日本籍船であっても海外貸渡しにより外国の船社が配乗権を持っているものについては、閣議了解の範ちゅう外として扱われ、外国人船員が一部配乗されている。
外航海運については、２年３月から海外貸渡方式（いわゆるマルシップ方式）により外航貨物船において混乗を実施している。また、旅客船については、２年９月からは内・外航を問わずエンターテナー等の専門的な技術・技能等を有する外国人船員が乗り組む日本客船において、３年６月からは海外貸渡方式により外国人船員を配乗し、外航輸送と次の外航輸送の間の短期間内航輸送に従事する内外航併用客船において混乗を実施している。
一方、漁船については、海外基地を利用する漁船を対象に、２年９月より混乗を実施しているが、７年９月から外国人漁船員を乗組員数の２５％から４０％に拡大している。