運輸分野における環境関係の途上国に対する国際協力については、我が国における技術、経験の蓄積を生かし、@鉄道等公共交通機関の整備によるエネルギー効率が良く環境負荷の少ない交通体系の形成、A自動車の修理・検査体制の整備等による交通機関からの環境負荷の低減・抑制、B気候変動及び地球環境に関する観測・監視体制の整備及び調査研究の推進、C海洋汚染防止能力の向上等の分野において積極的な協力を実施している。
特に、大気汚染をはじめとする深刻な交通問題に苦しむ開発途上国を対象にして、総合的・計画的な交通公害対策の実施を支援する「エコ・トランスポート協力計画」を５年度より実施している。
このほか、大規模油流出事故対策に資する油防除要員の訓練体制向上のため、調査検討及び要員訓練を行う「海上防災対策協力事業」を８年度より実施する。