船舶技術研究所では、近年の船舶の高速化、大型貨物船の海難事故等に対応し、海上交通の安全確保のため、船舶の軽量化に伴う構造安全評価に関する研究、船体の寿命評価技術に関する研究、操船時のヒューマンエラー防止に関する研究等を行っている。
港湾技術研究所では、高速船の安全かつ効率的な航行を可能にする高速船対応水域施設の計画手法及び港内の航行支援システムに関する研究を操船シミュレータを用いて行っている。さらに、天候に影響されずに荷役や乗降を安全に行うことのできる全天候型港湾施設に関する研究も行っている。