湖沼水質保全計画を定める必要のある指定湖沼とは、｢湖沼水質保全特別措置法｣(昭和59年制定)の第4条に基づき、環境大臣が指定した湖沼であり、平成18年度末で10湖沼(霞ケ浦、印旛沼、手賀沼、琵琶湖、児島湖、釜房ダム貯水池、諏訪湖、中海、宍道湖、野尻湖）が対象となっている。関係知事は国の定める湖沼水質保全基本方針に従い、各湖沼水質保全計画を策定する必要がある。

指定湖沼の目標水質項目は、霞ヶ浦、印旛沼、手賀沼、琵琶湖、児島湖、諏訪湖、中海、宍道湖ではCOD、窒素、リンであり、釜房ダム貯水池、野尻湖ではCOD、リンである。

平成19年度は、諏訪湖、釜房ダム貯水池の2湖沼で計画改定の予定である。また、八郎湖(秋田県)において指定湖沼への指定を受けるため、湖沼水質保全計画の策定中であり、平成20年度以降、湖沼水質保全計画に基づいた対策の実施を行うこととなっている。