旅客鉄道運賃の設定方式のあり方については、７年１月に設置された旅客運賃問題研究会での検討を経て、８年２月の「旅客鉄道運賃ワーキンググループ」の報告書において改善の方向が示された。これを受けて、８年３月に閣議決定された「規制緩和推進計画の改定について」においては、旅客鉄道事業に係る運賃・料金規制について、「旅客鉄道運賃ワーキンググループの結論に基づき対処」することとされた。
報告書の内容としては、現行の総括原価方式が適当であるが、その運用について、@総括原価方式の下での上限価格制の導入、Aヤードスティック方式の強化、B原価計算方式の改善（複数平年度化など）、C諸手続の簡素化等、D情報公開の促進といった改善措置が必要とされた。
運輸省としては、８年１１月に、上記改善措置を盛り込んだ新運賃制度をとりまとめ、９年１月より実施に移すこととしている。