運輸省では、港湾管理者である神戸市等と協議の上、７年２月１０日、@港湾機能の早期回復、A施設の耐震性の強化、B市街地復興との連携、C国際拠点港湾としての復興を内容とする「兵庫県南部地震により被災した神戸港の復興の基本的考え方」をとりまとめた。
これを踏まえ、神戸市では、７年４月２８日、神戸市全体の復興及び活性化に資することを目的として、「短期復興計画」と「中長期復興計画」から構成される「神戸港復興計画」をとりまとめた。
また、この復興計画に対応するため、７年８月３日、「神戸港港湾計画」の一部変更が港湾審議会で承認された。
神戸市ではこの港湾計画に基づき、瓦礫の受入等にも資する土地造成、再開発による物流機能の強化のほか、耐震強化岸壁、国際海上コンテナターミナル、快適な環境を創造する緑地の整備等を行っている。