船腹調整事業はこれまで内航海運組合法により私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律（独占禁止法）の適用が除外されてきたが、自己責任と市場原理に立った経済社会を実現するため公的規制を緩和するという方針の下、同事業を含む個別法による独占禁止法適用除外制度については、６年７月及び７年３月の閣議決定において、「原則廃止する観点から見直しを行い平成７年度末までに具体的結論を得る。」こととされた。
このため、運輸省は、今後の内航海運対策を含む船腹調整事業の見直しについて６年７月に海運造船合理化審議会に諮問し、７年６月に「現在の船腹調整事業について、内航海運業者による同事業への依存の計画的解消を図る」旨の答申を得た。同答申及び７年１２月に内閣総理大臣に提出された行政改革委員会の「規制緩和の推進に関する意見」等を踏まえ、船腹調整事業については、「規制緩和推進計画の改定について」（８年３月閣議決定）において以下のとおり見直すこととされた。