今後運輸省としては、内航海運業界等が閣議決定に沿った所要の措置を着実に講じていくよう、自己資本の充実、集約化等による経営基盤の強化、債務保証業務の実施による船舶建造の円滑化等の環境整備施策を推進していくとともに、その進捗状況を十分に把握し、適切に指導することとしている。
なお、７年１２月の行政改革委員会意見を踏まえ、船腹調整事業及び運賃協定の見直しを行うに際しては併せて荷主の優越的地位の濫用を防止し、公正な取引関係を構築していくための新しい措置を講じることが不可欠であることから、現在運輸省と公正取引委員会との間で連絡協議会を設け、検討を行っている。