小笠原総合事務所所掌業務
業務としては、出入国在留管理庁の地方出入国在留管理局、厚生労働省の検疫所、労働基準監督署、公共職業安定所、農林水産省による植物防疫、林野庁による国有林野管理と極めて広範にわたります（政令第９条第１項及び第２項）。また、東京税関出張員が３か月交代で小笠原総合事務所内に駐在し、税関の業務を遂行しています。
水際行政（CIQ）
| 地方出入国在留管理局 出張所 |
|
| 外国人及び日本人の出入（帰）国審査、外国人の在留管理等を実施しています。 |
|
| 検疫所 | |
| 外国からの入国者が検疫感染症※¹に感染していないか検査を実施しています。 |
|
| 植物検疫 | |
| 外国からの入国者が植物を持ち込まないように確認しています。 |
|
労働行政
| 労働基準監督署 | |
| 労働災害の防止、労働条件の確保、労働相談、労働災害補償保険の加入・給付事務を実施しています。 |
|
| 公共職業安定所 | |
| 雇用保険の加入・給付事務、職業紹介、労働相談を実施しています。 |
|
農業行政
| 植物防疫 | |
| 小笠原諸島から移動を禁止又は制限されている害虫と植物※²を旅行者が持ち出さないよう植物検疫を実施しています。詳細は、「小笠原諸島から植物等を持ち出される皆さまへ」をご覧ください。 また、日本に生息していない害虫（ミカンコミバエ等）について、国外からの侵入調査を実施をしています。 |
|
林野行政（国有林課）
| 国有林野管理 | |
| 小笠原諸島の面積の約６割を占める国有林の管理（貸付・処分、境界整備）をしています。国有林野への入林許可申請については、「国有林野内への入林手続きについて」をご覧ください。 |
|
※¹ エボラ出血熱、ペスト、マラリア、デング熱、ジカウイルス感染症等
※² 害虫：アフリカマイマイ、アリモドキゾウムシ、イモゾウムシ
植物：サツマイモ、空心菜、アサガオ、グンバイヒルガオ等
その他
- 小笠原総合事務所標準文書保存期間基準（PDF形式）