既設新幹線については、線区毎に大きな資本費格差があるため、これに着目して本州３社（ＪＲ東日本、ＪＲ東海、ＪＲ西日本）の収益調整を行う観点から、新幹線鉄道保有機構法に基づき、新幹線鉄道に係る鉄道施設を一括して保有し、これを本州３社に有償で貸し付ける主体として新幹線鉄道保有機構（以下「保有機構」という。）が設立された。なお、平成３年１０月には、ＪＲ株式の売却・上場を円滑かつ適切に実施する観点から、本州３社（ＪＲ東日本、ＪＲ東海、ＪＲ西日本）の資産及び債務を確定する必要等が生じたため、保有機構が一括保有している新幹線鉄道施設が本州３社に譲渡され、保有機構は解散した。解散時において保有機構が有する譲渡代金債権等の一切の権利・義務は、同月成立した鉄道整備基金に承継された。