(i) 運航費補助は、資本費補助とは異なり、一般的に航空会社の経営効率化インセンティブを阻害するおそれがあると考えられるため、例えば、欠損額にかかわらず定額の補助金を交付するなどの航空会社の経営効率化インセンティブが働くような措置や、運航主体を決定するに当たり、複数の航空会社がその路線の運航を希望する場合には、地方公共団体が予定する水準の運送サービス等について最も低い補助金額で提供する意思を表明した航空会社を運航主体とするなどの効率的な航空会社を選定できるような措置を導入することが適当である。同時に、それらの路線を運航する航空会社によるコスト削減努力等に係る情報の公開等を行うことも必要である。
(ii) なお、新たな支援の対象となる路線について、運航を希望する航空会社が現れない場合もあり得ると考えられるため、例えば、地方公共団体による運航主体の設立や、外部資源の活用による運航も可能とするなど、それらの路線の維持を行うことができるようにすることが必要である。