支川牛津川合流後の六角川河口堰より下流の河口部では、河口から海域にかけて広大な河口干潟が形成され、有明海と一体となっています。干潟には、ムツゴロウやシオマネキが生息しており、シギ・チドリ類やカモ類の渡り鳥の中継地、越冬地となっています。水際にはシチメンソウやヒロハマツナ等の塩生植物が生育し、その背後にヨシ原が形成されています。
河口から沿岸部は、エツ等の有明海特有の魚類やヒイラギ等の海産魚の生息場となっています。また、六角川の汽水域はこれら海産魚の成育場としての役割を担っており、汽水域と有明海が連続性のある生物相を形成しています。さらに、六角川河口を含む有明海は、「日本の重要湿地500」(環境省)に選定されています。