川の水が堤防を越えてあふれ出す「外水氾濫」とは別に、市街地に降った大雨が地表にあふれる「内水氾濫」がある。
河川は大雨時の増水で、中・下流域の水位が高くなる。そのため、本川に合流する都市部などの中小河川（支川）では、支川から本川へ大量の雨水を流すことができずに、地表に水があふれ出る内水氾濫が起こる。洪水被害（外水氾濫、内水氾濫）の被害額でみると、内水氾濫は全国では約半分だが、東京都では80%を占める。
比較的、堤防の整備が進んだ都市部では、内水氾濫が新たな課題となっている。