"米代川は、鳥類の繁殖地、渡り鳥の中継地、生息地、越冬地としての役割を担っております。又、大館盆地から河口までは魚類の遡上の妨げとなる工作物がなく河川の連続性が確保されているため、春から初夏にかけて多くのシロウオ、アユ、サクラマスの遡上や、降海型イトヨなどがみられます。"

米代川流域は、原生的なブナ天然林が世界最大級の規模で分布し、世界自然遺産に登録された白神山地をはじめ、十和田八幡平国立公園や４つの県立公園があり、山麓を中心に豊かな自然環境に恵まれています。
　また、上流域の奥羽山脈は、山麓を中心にスギの植林地があり、阿仁川の上流部ではスギの天然林が分布し、それより標高が高い区域にはブナ林が分布しています。

源流から花輪盆地の上流部は、沿川に河岸段丘が発達し、ブナ、アオモリトドマツ、コナラ群落がみられるほか、カジカ、ヤマメ、エゾイワナなどが生息しています。
　中流部の大館市十二所から能代市二ツ井町にかけては、狭窄部を介して東西に細長く広がる大館、鷹巣の各盆地のほぼ中央を流れており、この区間は連続した瀬と淵及び中州が存在し、秋にはアユの産卵する姿が随所に見られるほか、河川敷内で湧水しているワンドにはトミヨが営巣する箇所もあります。
　河畔はオニグルミ・ヤナギ類の高木群落を主体とする植生で河畔林が形成され、ササゴイなどのサギ類や、ジネズミ、キツネなどが生息し、自然豊かな河川環境となっています。
　能代平野に広がる下流部は、河床勾配が緩く、川幅も広くなり穏やかな流れとなっており。高水敷にはヤナギ類の高木群落やオギ群落等が分布し、サギ類やオシドリ、キツネなどが生息しています。また水際には抽水植物のコウホネが群落を形成しているほか、河口にはハマヒルガオ等の砂丘植生が見られます。魚類も数多く生息しており、大館盆地から河口までは魚類の遡上の妨げとなる工作物がなく河川の連続性が確保されているため、春から初夏にかけて多くのシロウオ、アユ、サクラマスの遡上や、降海型イトヨなどがみられます。