重みづけ手法による総合評価は、新都市を建設し得る一体の地域として設定された10の地域を対象に行われました。
16の評価項目についての地域ごとの優劣は、70名余の専門家等の参加を得て数値により評価する一方、評価項目間の重みづけ（各評価項目の重要度の設定）は、これとは別に審議会委員が個々に行い、両者の作業を総合することで、10の総合評価の対象地域ごとに数値化された評価結果を算出されました。
その結果、対象地域間での評価の差は大きくありませんでしたが、栃木・福島地域の評価が最も高く、次いで岐阜・愛知地域が高い評価を得られました。
なお、総合評価に当たっては、客観性に留意しながら複数の手法を検討しました。総合評価の手法としては、重みづけ手法のほかにも、金銭に換算する方法、足切り法及び定性的な記述法が想定されます。
このうち、重みづけ手法は、
等の特徴を有し、また、既に空港等のプロジェクトの立地選定に対する適用実績があったことから、総合評価の手法として適用されることとなりました。
具体的には、次のような 重みつき線形関数を活用して評価結果を算出しています。
Ｕ ＝ Σｗ i u i
Ｕ ：総合評価値、 ｗ i ：評価項目 i の重み、 u i ：評価項目 I の評価