最終的に候補地を選定するに当たっては、重みづけ手法による総合評価で得られた数値による評価の結果をもとに、その地域が有する広域的な特徴や、新都市と他の地域との連携、地震等自然災害に対する対応、将来の交通機能の充実、新都市づくりに当たっての課題等について、多面的、多角的検討が加えられました。
具体的には、このような観点から、総合評価で高い評価を得た栃木・福島地域及び岐阜・愛知地域について検討し、あわせて他に適当な移転先候補地があるかについても検討を行われました。
その結果、栃木・福島地域、岐阜・愛知地域の優位は動かないとされ、三重・畿央地域については、京都、奈良、大阪等の諸機能や文化の集積等、他の地域にはない特徴を有しており、新たな高速交通網が整備されれば、この地域の立地条件は大きな飛躍を遂げ、移転先候補地となる可能性を秘めているとされました。また、茨城地域は、その利点を生かしつつ、国際機能の面等で栃木・福島地域と連携し、これを支援、補完していくことが求められるとされました。