1999年6月の福岡水害で、大量の水が博多駅周辺の地下街や地下鉄、ビルの地下室などに激流となって流れ込み、地下室に閉じ込められ1人が死亡。同年7月にも東京都新宿区の住宅地の地下室で1人が死亡。2000年9月の東海豪雨では、名古屋市の地下鉄が浸水で最大2日間運転停止、約47万人の足に影響。
2003年7月の集中豪雨で福岡は再び水害に見舞われ、地下鉄などの地下空間が浸水。2004年には、9月に集中豪雨で東京都渋谷区の地下1階店舗が浸水。
10月の台風22号では東京・地下鉄麻布十番駅の地下3階ホームが浸水。横浜では西口商店街の地下店舗が水没。
都市部に拡大を続ける地下空間は、今後における水害対策の重要な課題となってきた。