明治以降、大きな出水としては6洪水が観測されています。
　そのうち、昭和50年8月洪水は、真狩雨量観測所で総雨量238㎜を観測、名駒地点では既往最大流量1,493m3/sを記録し、大きな被害が発生しました。

昭和50年8月洪水

　北海道に接近した台風6号により、停滞した前線の活動が活発化し、8月22日夜半からの降雨により、降り始めた雨は、喜茂別観測所で211㎜、真狩観測所で238㎜を観測する大雨に見舞われました。大雨により尻別川の水位は急激に上昇、名駒地点では既往最大流量となる1,493m3/sを記録しました。
　この洪水では、これまでの堤防整備や河道掘削による河川整備の効果を見る一方、米子築堤の決壊や堤防未整備地区での氾濫により、大きな被害が発生しています。

平成11年8月洪水

　近年では、平成11年8月に低気圧による大雨により、昭和50年、昭和56年に次ぐ洪水が発生しています。この洪水では、堤防整備が進んだことから尻別川本川の氾濫による被害は発生していませんが、内水氾濫による被害が発生しています。