神流川における主な災害として、明治43年8月の台風10号、昭和10年9月の台風10号、昭和22年9月のカスリーン台風、による被害等があげられます。

近年では、平成19年9月台風9号により下久保で時間雨量最大63mm、総雨量543mmが観測される記録的な大雨となり、神流川下流域においても河川が増水しました。

過去の主な渇水

平成6年、8年渇水

平成6年及び平成8 年の渇水では、取水制限が最大30%に至りました。
平成6年は、夏期に猛暑と少雨の影響により、利根川水系では、最大30％の取水制限（30％の取水制限期間は6日間）となり、水道用水では高台で水の出が悪くなることや、赤水が出る等の被害が起き、給水活動が行われました。
　平成8年は、冬期、夏期の2度の渇水に見舞われ、冬期渇水では10％の取水制限が76日間、夏期の渇水では最大30％の取水制限が実施され、取水制限期間は41日間（30％の取水制限期間は6日間）となりました。