源流から上流域では、深い渓谷をなし、草木ダムのダム湖には、イワナ、ヤマメ、ニジマスをはじめとする魚類の生息が確認されています。
また、上流側では礫や玉石等からなる礫河原が見られ、カワラヨモギ等の植物が生育し、イカルチドリ等の鳥類が生息しています。また、河川には瀬と淵が連続し、ヤマメ等が生息するとともに、サケが遡上し多くの産卵床が確認されています。
しかし、かつていたる所で見られていた広い礫河原は、河床低下による澪筋の固定化等により攪乱頻度が減少するとともに、外来種であるシナダレスズメガヤ等の植物の侵入や外来樹木のハリエンジュ等による樹林化の進行により減少し、礫河原を生息・生育・繁殖環境としている固有の動植物が減少しています。