移転にかかる費用については、国会等移転審議会がモデル的な試算を行っています。これによれば、建設開始後10年程度で国会を中心として移転を行う第1段階（人口10万人、面積1,800ha[ヘクタール]）までは、総額で4兆円強、このうち公的負担は2兆3千億円です。年当たりの公的負担額は概ね2千3百億円となります。
その後は、必要に応じ、数十年の長期にわたって段階的に小都市群を順次整備していくことになりますが、現在の行政機関すべてが移転することとした場合（最大ケース：人口56万人、面積8,500ha[ヘクタール]）は、総額で約12兆3千億円、このうち公的負担は約4兆4千億円と試算されています。
試算された費用の総額には、施設整備費、基盤整備費、用地取得費及び広域交通インフラ整備費が含まれています。
この額については様々な評価があるかと思いますが、移転は我が国の未来の創造に資する、質の高い、波及効果の大きい事業です。
なお、東京都は、平成13年10月に移転費用について独自の試算を発表し、最大ケースに対応する移転費用は総額20兆1千億円にのぼると主張しています。これは、国会等移転審議会の試算を7兆8千億円も上回る大きな額です。東京都の主張によれば、その理由として、試算内容に漏れがあること、事業単価などについても最近の実施例を用いたことが挙げられています。しかし、試算漏れの具体例として指摘された国会図書館については、国会等移転審議会の試算でも計上されており、むしろ東京都の試算が二重計算となっています。また、国会等移転審議会の試算以降、地価や諸物価は下落傾向にあるにもかかわらず、東京都の試算は、過密都市東京における高コストな整備手法に基づく高い単価を適用しています。これらのことにより、東京都の試算が国会等移転審議会の試算を大きく上回る結果となっています。
いずれにしても、移転の実施に当たっては、経済情勢等も勘案しつつ、関係の財政支出全体の増加をできるだけ避けながら、移転の規模、進め方等にも工夫を凝らすことが必要です。