全国実態把握調査（冬期：平成12年1〜2月、秋期：平成12年9〜12月）
　 全国の河川及び湖沼におけるダイオキシン類の濃度の実態を把握することを目的として、全国一級水系（109水系）の河川の代表点及び直轄管理湖沼^※1において水質・底質調査を実施した。
　 また、河川におけるダイオキシン類の監視地点を選定する際の基礎資料とするため、代表12河川^※2において、上流から下流にかけて縦断的な水質、底質の調査を実施した。
^※1 直轄管理湖沼5湖沼 （網走湖、小川原湖、霞ケ浦、宍道湖、中海）
^※2 １２河川 （石狩川、阿武隈川、利根川、荒川、多摩川、綾瀬川、信濃川、庄内川、淀川、太田川、重信川、筑後川）

形態把握調査（平成12年10月〜平成13年1月）
　 水質及び、底質におけるダイオキシン類対策を検討するための基礎資料を得るため、直轄管理湖沼^※1及び代表12河川^※2において実施した。
^※1 直轄管理湖沼5湖沼 （網走湖、小川原湖、霞ケ浦、宍道湖、中海）
^※2 １２河川（石狩川、阿武隈川、利根川、荒川、多摩川、綾瀬川、信濃川、庄内川、淀川、太田川、重信川、筑後川）

・水質調査
　 採水した試料中のダイオキシン類を、溶存性ダイオキシン類と非溶存性ダイオキシン類（懸濁物質等に吸着しているもの）に分けて分析を行った。

・底質調査
　 採泥した試料を、レキ・砂質分とシルト・粘土分の粒度別にふるい分けして、それぞれダイオキシン類の分析を行った。

詳細調査（平成13年1月〜2月）
　 高濃度のダイオキシン類が検出された場合の汚染範囲推定のための調査実施方法の検討資料とすることを目的として、過去に汚染傾向が認められた都市河川、河口部、堰部及び湖沼の3河川1湖沼^※1において、ダイオキシン類の空間的代表性の把握を行うため、底質の水平分布調査（80地点）及び鉛直分布調査（10地点3層）を実施した。また、ダイオキシン類汚染状況を迅速に評価するため、一般項目で測定される底質性状との関係を検討した。
　 また、底質の水平分布及び鉛直分布調査を実施した3河川1湖沼の内、2河川^※24地点において、水質の時間的代表性を把握するため、1日8回の時間変動調査を実施した。
^※1 ３河川１湖沼（綾瀬川、利根川利根大堰、淀川河口部、霞ケ浦）
^※2 ２河川 （綾瀬川、利根川利根大堰）