今回の魚介類調査においては、河川では調査対象の35水系において230種を確認しました。また、ダム湖等においては調査対象の35ダム等において118種を確認しました。

　今回河川で新たに確認された魚類は24種でしたが、ほとんどが汽水・海水魚であり、純淡水魚では、在来種のイサザとスジシマドジョウ小型種山陽型、外来種のコクチバスとホワイトキャットフィッシュの４種が確認されています。

　特に、阿賀野川水系で確認されたコグチバスは、最近になって各地でその生息が報告されはじめていますが、ブラックバス(オオクチバス)と同様に肉食性であるうえに、冷水性で流れのある場所にも棲みつくため、今後の分布拡大と在来種への影響が懸念されています。

　また、近年その分布域が拡大しているといわれている外来種のブラックバス(オオクチバス)とブルーギルについても、１巡目と比較すると、ブラックバス(オオクチバス)は９水系から16水系へ、ブルーギルは４水系から11水系へ増加しています。

　また、ダム湖においても、１巡目の調査結果と比較すると、ブラックバス(オオクチバス)は15ダム湖から17ダム湖へ、ブルーギルは９ダム湖から12ダム湖へと増加しています。

　コアジサシは、川の中州や河川敷などの砂礫地に集団繁殖地をつくることで知られていますが、今回の調査では、24水系のうち18水系で確認されています(これまでの調査を含めると112水系のうち65水系で確認されています)。

　なお、近年のアウトドアブームで河川敷に四輪駆動車等が乗り入れることにより、その繁殖への影響が懸念されており、繁殖が確認されたところでは、今後の規制等が望まれます。 >　

　生息するために河岸がコンクリートなどで護岸されていない土堤が必要なゲンジボタルやヘイケボタルが、今回陸上昆虫類等調査を行った24水系のうち８水系で確認されています(これまでの調査を含めると、109水系のうち西日本を中心に42水系で確認されています)。