(１)	調査地点は、水深が30cm位で流れがあり、こぶしや頭くらいの大きさの石が多い場所を原則とする。
(２)	調査地点の下流側にアミをおきながら、その地点の石のいくつかを取りあげ、石の表面にいる生物を採取する。
(３)	また、石を取りあげたあとの川底を足でかきまぜて流れてくる生物をアミで受け、アミに残った生物も採取する。川底が砂や泥の場合には、この方法のみで生物を採取する。
(４)	採取した生物の種類を確認する。見つかった指標生物の種類及び個体数を記録し、その結果に応じて、調査地点の水質階級を判定する。

　水質階級ごとの指標生物は下表のとおりである。

　採取した指標生物に基づく水質階級の判定方法の流れは、概ね以下の通りである。

(１)	調査地点ごとに、個体数の多かった指標生物２種類（ただし、３種類の指標生物についてほぼ同じ個体数であった場合は最大３種類）については２点、それ以外の指標生物については１点として点数をつける。
(２)	各階級ごとに各指標生物の点数を合計する。
(３)	点数の最も高い階級をその地点の水質階級と判定する。
(４)	ただし、複数の階級について同点がある場合には、より数の少ない階級をその地点の階級とする。例えば、階級Iと階級IIIが同点の場合は階級Iとする。